Tindak pidana pencucian uang dan pendanaan terorisme merupakan kejahatan lintas negara yang terorganisir (transnational organized crimes) sehingga dalam pencegahan dan pemberantasannya diperlukan kerja sama dan koordinasi yang baik dari semua pihak baik dalam negeri maupun luar negeri. Penguatan kolaborasi dan koordinasi dapat dilakukan dengan meningkatkan hubungan kerjasama dengan instansi-instansi lain di dalam negeri maupun instansi-instansi di luar negeri.

Berdasarkan Undang-Undang No. 15 Tahun 2002 tentang Tindak Pidana Pencucian Uang sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang No. 25 Tahun 2003 Pasal 25 Ayat 3 serta sebagaimana telah diperbaharui dengan Undang-undang No.8 Tahun 2010 tentang Pencegahan dan Pemberantasan Tindak Pidana Pencucian Uang Pasal 88 dan 89,  bahwa PPATK dalam melakukan tugas dan fungsinya mencegah dan memberantas tindak pidana pencucian uang, dapat melakukan kerjasama dengan pihak yang terkait baik secara nasional maupun internasional. Direktorat Kerjasama Antar Lembaga PPATK, yang merupakan unit yang diberikan tugas untuk melakukan kerjasama dan koordinasi dengan instansi-instansi terkait lain, telah melakukan beberapa kegiatan dalam rangka peningkatan hubungan kerjasama dalam negeri (domestik) dan luar negeri (internasional). Upaya ini dilakukan oleh PPATK sebagai penjuru (focal point) dalam rangka penguatan dan peningkatan rezim Anti Pencucian Uang (APU) di Indonesia.
 
Kerja Sama Dalam Negeri
 
PPATK sebagai instansi yang merupakan penjuru dalam rezim APU di Indonesia, berupaya untuk terus meningkatkan hubungan dan kerjasama dengan instansi-instansi terkait di dalam negeri. Kerjasama tersebut tidak hanya dilakukan dengan instansi penegak hukum atau instansi pemerintah terkait melainkan juga dengan pihak regulator, perguruan tinggi dan organisasi nirlaba. Kerjasama dapat dilakukan diantaranya melalui penandatanganan Nota Kesepahaman (Memorandum of Understanding/MoU) yang meliputi pertukaran informasi* atau pemberian informasi, dukungan penelusuran transaksi keuangan di luar negeri*, perumusan produk hukum, penanganan perkara tindak pidana asal serta tindak pidana pencucian uang*, penelitian dan sosialisasi, pendidikan dan pelatihan, dan/atau pengembangan sistem teknologi informasi.

Penguatan kerjasama dalam negeri juga dilakukan melalui pertemuan tahunan Komite Koordinasi Nasional Pencegahan dan Pemberantasan Tindak Pidana Pencucian Uang dan Pendanan Terorisme tingkat Menteri, tingkat Tim Kerja TPPU dan tingkat Tim Teknis TPPU; mengadakan program asistensi kepada aparat penegak hukum; mengadakan sosialisasi  TPPU; serta penyelenggaraan Expert Group Meeting  yang dihadiri oleh beberapa perguruan tinggi di Indonesia untuk menghasilkan masukan-masukan ilmiah atas perkembangan rezim PP TPPU serta memberikan rekomendasi kepada Pemerintah.
* khusus instansi penegak hukum dan instansi pemerintah yang memiliki kewenangan penyidikan.